L’any 1928 l’insigne historiador i arquitecte Josep Puig i Cadafalch (1867-1956) va restaurar l’església romànica de Santa Cecília de Montserrat. Ho va fer amb criteris historicistes, bo i imaginant com devia ser el seu interior en funció de la litúrgia. Els tres altars dels tres absis, quan no hi havia celebració, restaven ocults al darrere de les cortines que penjaven de tres bigues de fusta, i l’altar central ostentava un frontal metàl·lic inspirat en la llinda de Sant Genís de Fontanes (Rosselló), amb una inscripció votiva del polític Josep Pich i Pon, que va sufragar aquelles obres.

L'acte inaugural de la restauració de Santa Cecília de Montserrat va tenir lloc el 30 d’agost de 1931, i fou presidit per l’abat Antoni M. Marcet i l’arquitecte Josep Puig i Cadafalch.

1940. Un cop acabada la Guerra Civil Espanyola s’establiren a Santa Cecília de Montserrat dues comunitats de monges benedictines procedents de Mataró i de Santa Clara de Barcelona, que es van fusionar en una sola, l’actual de Sant Benet de Montserrat, que residí a Santa Cecília fins al 1954. 

1954-2000. Durant aquests cinquanta anys la comunitat de Montserrat va fer servir Santa Cecília per acollir grups i convivències especialment de joves.